Ljubljanski nadškof in metropolit dr. Alojzij Šuštar je 28. oktobra 1981 pod številko 1459 izdal odlok, s katerim je ustanovil novo župnijo – župnijo Novo mesto Sv. Janez. Za začasno župnijsko cerkev je razglasil podružnično cerkev na Dolenjih Kamencah, za podružnico pa cerkev povišanja Sv. Križa na Gorenjih Kamencah.
V obrazložitvi je zapisano, da so za ustanovitev izpolnjeni vsi pogoji, ki se zahtevajo po cerkvenem pravu in po apostolskem pismu Ecclesiae Sanctae. Odlok je stopil v veljavo 1. novembra 1981. Župnijo je uradno razglasil ljubljanski pomožni škof dr. Stanislav Lenič na Miklavževo nedeljo, 6. decembra 1981.
Za prvega upravitelja nove župnije je bil imenovan župnik župnije Novo mesto Kapitelj, g. prošt, prelat Jožef Lap. S 15. avgustom 1982 je župnijo prevzel dotedanji kaplan v Kočevju in sedanji župnik Miroslav Virant.
Župnija je nastala na severo-vzhodnem ozemlju župnije Prečna.
V letih od 1985 do 1987 so farani zgradili župnišče, v katerem poteka večina pastoralnih dejavnosti.
Župnija je po številu prebivalstva ves čas rahlo rasla. S približno 1.800 prebivalcev v času ustanovitve se je število prebivalstva dvignilo na približno 2.500.
